ALTERTAVLEN (ca. 1525-30) er en fløjaltertavle fra den dansk-tyske Claus Bergs værk­sted. Berg er en af de mest betydnings­fulde billedskærere fra den danske sen­middelalder. Hans stil kan beskrives som barok gotik, og komposition og detaljer er præget af dramatiske bevægelser. Midter­feltet er en typisk gotisk fremstilling af den lidende Kristus på korset. På fløjene ses de tolv apostle, tre berømte dominikaner­munke og Skt. Nicolai. I fastetiden lukkes altertavlens fløje, som dækker for hoved­billedet. Da ser man i stedet tavlens malerier af Kristus, en række bibelske personer og katolske helgener.

PRÆDIKESTOLEN (ca. 1598) har seks felter, der forestiller de fire evangelister samt Jesu korsfæs­telse og opstandelse.

VÅBENFRISEN (1300-tallet) er Jyllands eneste af slagsen. Størstedelen er malet i 1300-tallet, men enkelte skjolde er fra begyndelsen af 1500. Skjoldene udgør et register over de personer, der har ydet økonomisk støtte til dominikanernes kloster. Skjoldet bag altertavlen med de tre løver og hjerter er blevet identificeret som Valdemar Atterdags våbenskjold fra begyndelsen af 1300. Motivet blev senere Danmarks rigsvåben og bruges i dag på de danske 10- og 20-kroner og på dronningens flag

DØBEFONTEN er et smedejernsarbejde fra begyndelsen af 1500-tallet, og fadet er fremstillet af malm.

EPITAFIERNE er gravminder fra 1600-tallet og første halvdel af 1700-tallet over folk, der er ble­vet begravet i kirken. De fremstiller eller beskriver borgmestre, handelsmænd og andre betydnings­fulde Aarhus-borgere med deres familier. Mange blev begravet under kirkegulvet, og da man ud­gravede Kryptkirken i 1956, fandt man spor efter en begravelsesplads fra 1600-1700-tallet.

ORGLET (år 1962) blev bygget med 36 stemmer af orgelbygmester Troels Krohn, Frederiksborg Orgelbyg­geri. Det blev restaureret i 1978 og igen i 1991 af Mar­cussen & Søn, hvor det blev udvidet til 50 stemmer.