Kryptkirken (omkring 1060) er Nordens ældste, hvælve­de stenkirke og det ældste rum i Aarhus. Den blev bygget af biskop Christian som en trefoldighedskirke – det vil sige en kirke for treenigheden: Faderen, Sønnen og Helligånden. Treenigheden afspejles i arkitekturens tre skibe og tre apsider, som har haft et alter hver.

Kirken er bygget i frådsten og marksten, og væg­ge og piller har været dækket af et pudslag, der stadig har svage rester af kalkmalerier. Under gudstjenesterne stod menigheden på gulvet og sad på de indmurede bænke i siderne.

Da dominikanermunkene kom til Aarhus i midten af 1200-tallet, blev kirken overdraget til dem. Munkene nedrev stenkirken og påbegyndte opførelsen af en ny kirke med tilhørende kloster. Kryptkirkens historie forsvinder i de følgende århundreder, men på et tidspunkt er der sket en opdeling af kirkerummet, og den ene del er blevet brugt til redskabs- og brændselsrum.

Kryptkirken blev opdaget under gulvet i Vor Frue Kirke under en omfattende renovering i 1955. Under renoveringen, som ledtes af Nationalmuseet, blev der blandt andet afdækket en barne- og en voksengrav. Man ved ikke præcis, hvornår Kryptkirken blev glemt og fyldt med murbrokker. Men fund i Kryptkirken vidner om, at den har været brugt som kirke i 1300-tallet, senere som dominikanernes brænd­selsrum og siden som begravelsesplads.

Kryptkirken er restaureret med de oprindelige materialer og bruges i dag til både gudstjenester, dåb og vielser.

ÅBY-KRUCIFIKSET, der hænger i Kryptkirken, er en kopi af det ældste krucifiks fundet i Danmark. Det originale Åby-krucifiks (cirka 1050-1100) er fun­det i Åby Kirke ved Aarhus og hænger i dag på Nationalmuseet. Det er et typisk romansk krucifiks, og det er kun i Norden, at Kristus afbildes på denne måde: Klædt som en fyrste med et overskæg, der er karakteristisk for vikingernes hårmode. Han er skildret som en stærk konge, der ved sin korsfæs­telse sejrer over døden. Sådan en konge mindede vikingerne om den nordiske krigergud Thor.