Kort efter at dominikanerne havde overtaget Vor Frue Kirke (dengang Skt. Nicolai Kirke), påbegyndte de byggeriet af klosterets tre fløje, som er fra 1300-tallet. Vor Frue Kirke udgør klostergårdens sydfløj. Det er et af de bedst bevarede kloster­komplekser i Danmark.

Her boede og levede tiggermunkene en asketisk tilværelse. Munkene måtte forlade klosteret omkring 1530 i forbindelse med reformationen. Kong Christian III bestemte i 1541, at klosteret skulle være et almindeligt hospital for fattige og syge. I dag fungerer klosteret som lejlighedskompleks for beboere over 60 år.

KLOSTERKIRKEN er fra slutningen af 1300-tallet. Den har tjent som munkenes kapitelsal og som modtagelsesværelse for deres gæster. Den nuværende indgang til Klosterkirken er den oprindelige indgang til munkenes kloster. Klosterreglerne fra 1240 foreskrev, at portneren skulle forvisse sig om, at de, der ønskede at komme ind, ikke var ”kvinder, røvere eller andet skarnsfolk”.

Rummet blev indviet til hos­pitalskirke i 1888. I 1967 overtog menighedsrådet ved Vor Frue det lille kirkerum, som blev gennem­restaureret i år 2000. I dag er Klosterkirken åben for alle og benyttes til gudstjenester, dåb og vielser.

Klosterkirken har seks krydshvælvinger, der bæres af to smukke, slanke søjler af gullandsk sandsten. Kalkmalerierne er fra 1517 og blev malet over i forbindelse med reformationen.

GLASMOSAIKVINDUET (år 2000) er udført af den kendte danske kunstner Per Kirkeby, hvis kirkekunst hænger i flere danske kirker. Han benytter sig gerne af religiøse grundsymbo­ler som f.eks. træet. Dette vindues karakteris­tiske runde, røde og sorte figurer kan minde om afsavede træstubbe og de to vandrette bjælker om faldne træstammer. Det afhuggede træ op­træder sommetider i Bibelen som et symbol på døden. Flytter man de to bjælker, kan de tilsam­men danne et kors. De runde figurer kan også minde om forstørrede blodceller og derved skabe associationer til nadverritualet. Tankerne kan der­for ledes hen på kristne grundtemaer som død og genopstandelse, synd og tilgivelse.